办学九十年来，国内外热心教育，关心支持学院发展的知名教授与校友，社会贤达与公司企业，发扬陈嘉庚先生爱国兴教、捐资办学的精神，先后在学院设立了一系列奖学助学金和奖教助研金项目。
截至2011年12月底，学院设有奖教助研金7项，奖学助学金27项，其中卢嘉锡奖、蔡启瑞奖、傅鹰奖是学院最高荣誉的三大奖学金。每年奖励师生逾三百人次，发放奖励金额逾百万元。
卢嘉锡奖学金：
1985年由化学系1941届旅菲校友庄汉卿先生捐资设立卢嘉锡·蔡启瑞奖学金。2003年起分开设为卢嘉锡奖学金和蔡启瑞奖学金。
2003年起卢嘉锡奖学金每年奖励化学系四年级本科生1名，物理化学方向硕士生1名，奖励学生1000港元/人。
2009年，学院增资该奖，研究生奖励名额从原来的1名增至2名，奖励金额从原来的1000港元/人增至博士生3000元人民币/人、硕士生2500元人民币/人。本科生奖励名额不变，奖励金额从原来的1000港元/人增至1500元人民币/人。
蔡启瑞奖学金：
1985年由化学系1941届旅菲校友庄汉卿先生捐资设立卢嘉锡·蔡启瑞奖学金。2003年起分开设为卢嘉锡奖学金和蔡启瑞奖学金。
2003年起蔡启瑞奖学金每年奖励化学系四年级本科生1名，物理化学方向硕士生1名，学生奖励1000港元/人。
2009年，学院增资该奖，研究生奖励名额从原来的1名增至2名，奖励金额从原来的1000港元/人增至博士生3000元人民币/人、硕士生2500元人民币/人。本科生奖励名额不变，奖励金额从原来的1000港元/人增至1500元人民币/人。
傅鹰奖学金：
1990年由化学系1941届旅菲校友庄汉卿先生为纪念傅鹰先生而设立。傅鹰，物理化学家和化学教育家，1939-1944年在化学系任教，曾任校教务长兼理学院院长。
傅鹰奖学金每年奖励化学系本科生1名，化学系博士生1名，学生奖励1000港元/人。
2009年起，学院增资该奖，研究生奖励名额从原来的1名增至2名，奖励金额从原来的1000港元/人增至博士生3000元人民币/人、硕士生2500元人民币/人。本科生奖励名额不变，奖励金额从原来的1000港元/人增至1500元人民币/人。
2010年，化学系1992届校友王炜（硕士）、翁晖岚伉俪捐助以上三大奖项，每个奖项注资7000元，签订10年协议。
重学奖学金：
1987年由原海洋系郑重教授、原化学系系主任顾学民教授夫妇共同设立。2001年起，郑重夫妇的儿子、中科院院士郑兰荪教授向该奖项增资，奖励无机专业硕士4名，奖励750元/人，无机专业博士生3名，奖励1000元/人。2004年起，改设奖励取得保送无机专业研究生资格的四年级本科生，奖励1000元/人。2007年，化学系1985级校友、重学奖学金获得者余荣清为该奖学金注资5万元。
2011年2月，余荣清再次注资10万元，改为奖励博士生1名，奖励3000元/人；硕士生2名（其中指定无机专业硕士生1名），奖励 2500元/人；本科生2名（其中指定无机专业保研生1名），奖励金额1500元/人。
吴思敏奖学金：
1987年由化学系1948级旅港校友吴伯龄先生，李陆大先生分别为纪念其父、其岳父吴思敏先生而设立。吴思敏先生五十年代在化学系任教。
吴思敏奖学金每年奖励本科生17名，其中化工本科生8名，化学本科生7名，化生本科生2名，奖励1000元/人；奖励硕士生8人，其中化工硕士生2名，有机高分子硕士生2名，奖励1500元/人；奖励博士生8人，奖励2000元/人。
2011年3月，李陆大先生捐资100万港币，连同此前奖励金余额913299.5元存本取息。
蔡长质奖(助)学金：
2001年由1973届化学系校友蔡长质先生设立。2002年起，每年奖励本科生3名，奖励1000元/人。2008年起蔡长质先生增设助学金，每年增加资助3名品学兼优的贫困本科生，资助金额1000元/人。
黄本立奖学金：
2005年由中国科学院院士、我院黄本立教授设立。2006年起每年奖励化学系分析专业硕士生和博士生各1名。博士研究生奖励2000元/人，硕士研究生奖励 1000元/人。从2009年起增加奖励化学系分析专业博士生1名。
陈国珍奖学金：
2006年由厦门北大泰普制药有限公司为纪念陈国珍先生而设立。陈国珍先生是化学系1938届校友，长期在化学系任教，五十年代曾任化学系主任。
每年奖励研究生6名，指定分析专业3名。其中奖励博士生2名，奖励2000元/人；奖励硕士生4名，奖励1500元/人。
晋大纳米奖学金：
2006年由晋大纳米科技(厦门)有限公司设立。2007年起每年奖励化学系研究生10名，其中3名由廖代伟教授主持的“晋大纳米科技（厦门）有限公司厦大研发中心”评选，奖励1500元/人。
联想计算化学奖学金：
2008年由上海联想电子有限公司设立。从2008年开始，每年奖励参与计算化学等领域的5名研究生，奖励2000元/人。
龙岩高岭土奖学金：
2009年由龙岩高岭土有限公司设立。奖励研究生12名，其中指定团簇化学研究方向研究生9名，奖励1500元/人；奖励本科生11名，其中指定发光分析、环境分析方向研究生、本科生共8名（本科生1名），两名奖励2000元/人，六名奖励1500元/人，三名奖励1000元/人。
鑫展旺奖学金：
2009年由福建鑫展旺集团有限公司设立。该公司是福建省科技厅认定的高新技术企业。奖励化学系“复杂天然产物全合成”研究方向研究生3名、化工系“絮凝基因的构建与生物絮凝剂的发酵技术”研究方向研究生2名，奖励2500元/人。
立恒奖(助)学金：
2009年由福建立恒涂料有限公司设立。该公司是一家专门从事船舶漆、工业特种防锈防腐漆生产的企业。奖励或资助化工系研究生4名，2000元/人，化工系本科生12名，1000元/人。
重庆紫光化工奖(助)学金：
2009年由重庆紫光化工股份有限公司设立，于2010年校庆首次评选颁发。该公司是国内天然气精细化工生产骨干企业。奖励本科生20名，原则上1000元/人。助学金每次资助不超过10人，其中研究生不低于6名，博士生3000元/人，硕士生2000元/人，本科生1000元/人。
和光奖(助)学金：
2009年由化学系1998届校友许浩先生设立。奖学金每年奖励本科生10名，奖励1000元/人；硕士生4名，奖励1500元/人；博士生2名，奖励2000元/人。助学金每年资助本科生10名，资助1000元/人。
金达威教育奖励金：
2010年由厦门金达威集团股份有限公司设立。该公司是一家专门从事食品营养强化剂研制、生产和经营的企业。每年注资50万元，签定协议四年。
奖励金分别设以下奖项：
17.1金达威特聘教授1－2名，任期3年，资助工作津贴5－10万元/人·年。计10万元/年。
17.2金达威助研金，每年资助（或奖励）1－2个课题组，每个课题组给予科研经费资助（或奖励）5－10万元。计10万元/年。
17.3金达威奖教金，特等奖1名，奖励金额1万元/年，一等奖8名，奖励金额5000元/人·年。计5万元/年。
17.4金达威奖学金，计10万元/年。其中，（1）注资学院最高荣誉奖学金卢嘉锡奖、蔡启瑞奖和傅鹰奖等三大奖，计2.5万元/年。（2）金达威奖学金，每年奖励学生20名，其中博士研究生5名，奖励5000元/人·年；硕士研究生5名，奖励4000元/人·年；本科生10名，奖励3000元/人·年。计7.5万元/年。
17.5金达威助学金，每年资助学生30－40人，资助金额3000－5000元/人·年。计12.5万元/年。
万惠霖奖学金：
2011年1月由化学系1992届校友王炜（硕士）捐赠设立。奖学金每年奖励本科生11名，1000元/人，其中化学系本科生5名，化工系本科生5名，化学生物学系1名；研究生5名，2000元/人，奖励催化专业研究生。
快乐学习创新创业奖学金：
2011年2月由快乐学习教育科技集团创始人1998级化学系校友张浩、郑薇薇伉俪设立。奖励在各类创业创新活动或实践中有突出表现的本科生和硕士生，本科生奖励15名，2000元/人；硕士生奖励10名，2000元/人。
浦景化工飞扬奖学金：
2011年2月由上海浦景化工技术有限公司设立。奖学金用于奖励学习努力并且进步显著的二、三、四年级的本科生。设立进步奖9人，奖励金额3000元/人；特等奖2人，5000元/人。
三达奖学金与启林助学金：
2011年2月由蓝启林慈善教育基金会设立。蓝启林慈善教育基金会是由化学系1985届校友蓝伟光及其胞弟为纪念先父蓝启林先生而捐资设立。三达奖学金每年奖励研究生5名 ，奖励金额3000元/人；启林助学金每年资助本科生10名，奖励金额2000元/人。
伊士曼（Eastsman）奖学金：
2011年12月由国际知名企业美国伊士曼化学公司设立。伊士曼公司每年出资八千美元，用于奖励催化领域及催化相关交叉学科专业品学兼优的八位研究生。
大化所奖学金：
2011年11月由中国科学院大连化学物理研究所设立。奖励品学兼优，立志科学研究的三、四年级优秀本科生。每年奖励十名，每人奖励人民币伍仟元整。
蔡长质奖教金：
2001年由化学系1973届校友蔡长质先生设立。从2002年起，每年奖励学院教职工2名，奖金人民币1000元/人。
园丁奖教金：
2005年由化学系1978级全体校友捐资设立。指定三名教师作为“特别园丁奖”获得者，奖励1500元/人；另外奖励教学方面成绩突出的教师2名，奖励1500元/人。2006年起每年奖励教师两位，奖励1500元/人。2008年指定 “特别园丁奖”1名，奖励教师2名，奖励2000元/人。
六九/七〇校友奖教金：
1996年由化学系1969和1970届校友设立，用于奖励教师、教科辅和办公室人员各1名，奖励1000元/人。
田昭武交叉学科奖励基金：
2009年4月由田昭武院士发起，并与厦门华弘昌科技有限公司共同捐资设立，属校级奖励金。每年面向全校颁奖，其中指定奖励学院从事交叉学科研究的课题组特等奖一个，奖金1.5万元，一等奖两个，每个奖励八千元。
